Земля, на которой находится село Панино, сначала принадлежала сыну знаменитого русского писателя Н.М. Карамзина. Затем она была куплена царским придворным графом П.А. Клейнмихелем (1793 - 1869), имя которого обессмертил Н.А. Некрасов в стихотворении "Железная дорога". В 1843 - 1851 гг. была проложена первая железная дорога между Петербургом и Москвой. Произведение поэта, посвященное этому важнейшему событию, опиралось на подлинные факты. Строителем данной транспортной магистрали считался "главноуправляющий путями сообщения" граф П.А. Клейнмихель, известный своей жестокостью, примеры ее помнят и в Панино.

Каменный храм в селе появился благодаря графине, к которой обратились с просьбой крепостные и поклонились ей в ноги. Дата постройки церкви святого Митрофана Воронежского в селе Панино в брошюре «Памятники истории и культуры Медвенского района Курской области», изданной в г. Курске в 1998 году, обозначена 1850 годом, в другом источнике - «Справочной книге о церквах, приходах и причтах Курской епархии за 1908 г.», изданной в г. Курске в 1909 г., указан 1855 год. Строительство, по-видимому, началось задолго до этого. В здании есть кирпич, на котором дата - 1827 и фамилия - Клейнмихель.

Ныне Митрофановская церковь - памятник архитектуры. История храма интересна связью с литературой: строитель железной дороги, описанной Некрасовым, возвел еще и храм на панинской земле, оставив потомкам не только недобрую память по себе, но и светлый след.

Согласно "Справочной книге о церквах, приходах и причтах Курской епархии за 1908 г." в селе Панино Курского уезда к приходу относились 1584 православных, раскольников и сектантов не было. Имелись церковно - приходская и земская школы. Священник Нестеров Стефан Алексеевич, дьякон Зубков Евдоким Саввич, псаломщик Сергеев П.П. казенного жалованья не имели. Церкви принадлежали 3 десятины усадебной и 30 десятин полевой земли, церковный дом священнику.

Интересные сведения собрала жительница Панино Алтухова Л.Г. Главным человеком в селе был священник Нестеров - отец Стефан. По отзывам селян, это был добрый, отзывчивый человек, высокообразованный и знающий себе цену.

Он бывший военный - в чине полковника царской армии.

Отец Стефан с чувством ответственности относился к своим обязанностям священника. Под руководством и при его прямом участии работала церковно -приходская школа, которая находилась рядом с храмом.

Во время Гражданской войны, когда деникинцы хотели расстрелять братьев Гречухиных, о. Стефан вступил на их защиту, не боясь навлечь на себя гнев. Об авторитете батюшки среди односельчан говорит и тот удивительный факт, что первым председателем комитета бедноты в селе был избран поп.

Семья о. Стефана проживала в доме, построенном епархией. В 1927 году дом и земли, принадлежавшие церкви, забрали, но священник не уехал, а поселился на квартиру к Гайдуковой Е.М., потом к ее соседке и продолжал служить людям. В 1938 г. колхоз купил у государства храм, туда ссыпали семена. Во время оккупации он был открыт, а в 1948 г. по решению общего собрания его снова закрыли и заняли под склад. О. Стефан жил в селе Амосовка Медвенского района, когда закрыли церковь. Но завещал, чтобы похоронили его в Панино. Его волю исполнили. Сын о. Стефана закончил юрфак и поселился в Воронеже. В конце 50-х годов он приезжал посмотреть родные места и поклониться праху родителей.

В настоящее время храм реставрируется, возобновлена служба. С 1989 по 1998 гг. служил о. Ростислав Голик, с 1998 по 2004 гг. - о. Александр Ермаков, с 2004 г. по настоящее время - о. Александр Колисниченко.

Панинская церковно-приходская школа при приходе Митрофаниевской церкви села Панино располагалась к западу от церкви в десяти саженях от нее. Постройка школы производилась из прекрасного сухого дубового дерева. Крыша перекрывалась и была покрашена медянкой. В школу вели два входа один - с юго-восточной стороны, другой - с северо-западной. При обоих входах устроены тесовые сени, окрашенные в дикий цвет и крытые железом. Первая комната, расположенная направо от входа - раздевальная, из которой ученики попадали в школьную комнату, а налево - квартира учителя. В этих помещениях полы были аккуратно выкрашены, стены оштукатурены и также выкрашены. Вторая часть здания школы отведена под церковную караулку и требную комнату.

М.С. Стародубцева. Влияние РПЦ на развитие народного образования в Курской губернии во второй половине XIX - начале XX вв. - Курск, 2001. - С. 9 -100.